夏日的一天，红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特所在的乡间小屋度假。初来乍到，玛丽对周遭的一切还不那么适应，特别是调皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她对着干，令玛丽实在高兴不起来。偶然一次的林间探险，玛丽见到了传说中的魔法之花“夜间飞行”，还找到了一柄破扫帚。偏偏这把魔法扫帚载着玛丽飞上天空，来到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个神奇的所在，玛丽受到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的殷勤接待，还邂逅了怪模怪样的D博士（小日向文世 配音）。虽然女孩懵懵懂懂成为了魔法学员，可是他很快发现了这里所隐藏的秘密……                                                                      　　本片根据改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说改编，是米林宏昌离开吉卜力工作室后制作拍摄的第一部动画长片。

小月的母亲生病住院了，父亲带着她与四岁的妹妹小梅到乡间的居住。她们对那里的环境都感到十分新奇，也发现了很多有趣的事情。她们遇到了很多小精灵，她们来到属于她们的环境中，看到了她们世界中很多的奇怪事物，更与一只大大胖胖的龙猫成为了朋友。龙猫与小精灵们利用他们的神奇力量，为小月与妹妹带来了很多神奇的景观，令她们大开眼界。                                                                      　　妹妹小梅常常挂念生病中的母亲，嚷着要姐姐带着她去看母亲，但小月拒绝了。小梅竟然自己前往，不料途中迷路了，小月只好寻找她的龙猫及小精灵朋友们帮助。

这里是妖精族、女神族和魔神族存在的世界。                                                                      　　由于魔神族的暗中活跃而濒临灭亡的大国·里欧涅丝王国，                                                                      　　拯救了它的是身为大罪人的传说中的骑士团“七大罪”，以及一位公主。                                                                      　　之后，里欧涅丝王国获得了平稳，自那以来过了一段时间——。                                                                      　　为了庆祝国王的生日，寻找传说中的食材·天空鱼而来到边境之地的“七大罪”。团长梅利奥达斯与会说人话的小猪霍克，在寻找天空鱼的途中飞向了存在于云层之上的天空世界“天空宫”。                                                                      　　拥有翅膀的“天翼人”居住在天空宫中。梅利奥达斯被误认作是打破规矩的天翼人少年，而被关进了牢房。天空宫为了防止被封印了三千年的凶恶魔兽被解放，而准备了仪式。                                                                      　　但企图解开封印、夺取天翼人性命的“贝利昂”所率领的强悍魔神族集团“黑之六骑士”现身了。为了从残忍无情的他们手中保护大家，梅利奥达斯等人与“黑之六骑士”激烈交锋！